Hatoyama berundur dari jawatan perdana menteri pada 2 Jun 2010 . Beliau memegang jawatan itu selama 9 bulan sahaja. Semasa pilihan raya beliau bersungguh-sungguh mahu memindahkan kem tentera Amerika Syarikat di selatan Pulau Okinawa, utara Jepun. Futenma Kor Marin Air Base itu hendak dipindahkan ke utara Okinawa tetapi penduduk Okinawa mahu pemindahan penuh kerana masalah penemaran dan jenayahn yang meningkat. Amerika sepatutnya boleh memindahkan 8000 tentera marinnya ke Guam di tengah Lautan Pasifik.

Sebaliknya ia dikekalkan demi keselamatan Jepun ekoran Korea Utara memiliki senjata nuklear dan telah menembak kapal Korea Selatan Cheonan. Pengekalan Okonawa ini sebagai kusa pengimbang di Asia.

Setiausaha Negara Amerika Syarikat Hillary Clinton mendesak Hatoyama mengekalkan Okinawa.Hubungan AS-Jepun akrab sejak 50 tahun. Malangnya penduduk Okinawa tidak selesa dengan pulau itu yang semakin sempit dan ancaman keselamatan ketenteraan. Moral 45,000 tentera Amerika di situ cukup menjijikkan penduduk Okinawa. Parti konservatif Jepun sebelum ini telah membuat perjanjian pengekalan kem itu pada 2006.

Protes berlaku di Okinawa menentang keputusan itu. Pada 30 Mei 2010, Parti Sosial Demokratik (SDP) menentang keputusan Hatoyama mengekalkan Okinawa. Sedangkan Pilihan raya Jepun 2010 akan diadakan pada Julai 2010.Hatoyama memecat pemimpin SDP, Mizuho Fukushima sebagai Menteri Hal-Ehwal Pengguna. Hatoyama dipersalahkan berhubung isu ekonomi yang lesu dan skandal pembiayaan kempen parti DPJ.